O município de Santa Margarida do Sul localiza-se na metade sul do Estado, está localizada na região da campanha, suas coordenadas geográficas são de aproximadamente 30º 30’ 27’ latitude sul e 59º 19’ 01’ de longitude oeste.

Santa Margarida do Sul limita-se ao norte e ao oeste com São Gabriel, a leste com Vila Nova do Sul e, ao sul com São Gabriel e Lavras do Sul.

O Município tem uma superfície territorial de 958 Km², distante 295 Km de Porto Alegre, capital do RS.